Gebelik döneminde kadının tüm vücut sistemlerinde değişiklikler olduğu için bağışıklık sisteminde de farklılıklar meydana gelecektir. Özellikle gebeliğin 3. Ayından sonra idrar yolu enfeksiyonları, ishaller, sistit ve üst solunum yolu rahatsızlıkları görülebilir. O nedenle her durumda gerekmese bile özellikle bazı ciddi durumlarda gebelik döneminde de antibiyotiğe başvurulabilir. Ancak gebelikte gerek bebeğin gerekse annenin sağlığı açısından gerekmedikçe antibiyotik ilaçlara başvurulmaması gerekir.
Gebelikte kullanılan antibiyotikleri zararlı ve zararsız olarak ikiye ayırmak mümkün. Bunun dışında bir de ciddi enfeksiyonlarda verilmesi zorunlu olan antibiyotikler vardır. Antibiyotiğin güvenilirliği çeşidine, kullanım şekline ve kullanım süresine göre değişir.
Genel olarak gebelikte kullanılmasında sakınca oluşturmayan ilaçlar amoksisilin, ampisilin, klindamisin, eritromisim, nitrofurantoin ve penisilin olarak sıralanabilir. Gebelikte kaçınılması gereken antibiyotikler tetrasiklin, doksisiklin, minosiklin ve trimetoprim olarak ele alınabilir.
Bu antibiyotiklerin fetusta defektler oluşturduğuna dair kesin kanıtlar olmamakla beraber kullanımı yine de önerilmez. O nedenle en küçük bir baş ağrısı bile olsa antibiyotik alımları doktor kontrolünde olması gerekir. Böylelikle anne adayı zarar verebileceği korkusundan da uzaklaşmış olacaktır.